A magyarországi felsőoktatás szerkezetének átalakításakor az alapító jogelőd intézmények kölcsönös elhatározása alapján, azok integrációjával jött létre 2000. január 1-jével a két kart és két kutatóintézetet befogadó Kaposvári Egyetem.
2006-ban a MAB lefolytatta a Kaposvári Egyetem második akkreditációs értékelését, amely az egyetem „A" minősítésével zárult. Az értékelés hangsúlyozta az egyetem dinamikus fejlődését, tevékenységének több tudományterületre történő kiszélesítését. Sikeresen valósult meg a magas színvonalú oktatás és kutatás infrastrukturális, személyi és tárgyi feltételeinek megteremtése.
